Trước thời kì Edo, Aomori chỉ là một làng cá nhỏ được gọi là Thiện Tri Điểu thôn (善知鳥村). Làng này được coi như một cảng biển vào năm 1612 bởi Moriyama Yashichirō, quan phụ trách việc phát triển cảng biển. Cái tên Aomori đã được đặt cho thành phố vào thời gian này. Trong suốt thời kì Edo, nơi quan trọng nhất của vùng Tsugaru là Hirosaki, và Aomori đóng vai trò như một cảng biển và trung tâm thương mại đối với vùng đất này.

Trong cuộc cải cách Minh Trị, vào tháng 7 năm 1871, Aomori trở thành một phần của tỉnh Hirosaki. Vào tháng 9 năm đó, tỉnh Hirosaki (bao gồm cả phần đất ngày nay của tỉnh Aomori) được thành lập. Tuy nhiên, tỉnh lỵ đã chuyển từ thành phố Hirosaki về Aomori và tên tỉnh đổi thành Aomori.

Vào mùa đông năm 1902, hơn 200 quân lính đã thiệt mạng trong lúc đang cố sức vượt qua dãy núi Hokkoda trong một buổi tập quân sự. Đây là một phần của việc chuẩn bị cho Chiến tranh Nga-Nhật và cần có kinh nghiệm trong môi trường lạnh mùa đông. Hôm đó đã có sai lầm nặng nề, với sự chuẩn bị và sự chỉ huy quá tồi, đã khiến hơn 200 người thiệt mạng để lại ký ức đau buồn.

Sự phát triển nên một thành phố Aomori hiện đại là do sự điều hành tỉnh lỵ và phà Seikan của Bộ trưởng Hoả xa, làm đường tàu quốc gia Nhật Bản nối giữa cảng Aomori với cảng Hakodate ở Hokkaido. Từ Tokyo đến Aomori có 2 đường tàu được xây dựng: đường Ou nối giữa thành phố Akita với thành phố thanhYamagata và đường Tohoku nối giữa thành phố Morioka, thành phố Sendai với thành phố Fukushima. Aomori là thành phố tỉnh lỵ duy nhất ở Nhật Bản không có một trường đại học quốc lập nào.

Vào năm 1945 thành phố cũng từng bị Không lực Mỹ đánh bom.